Облагаются ли НДФЛ купоны с облигаций на ИИС типа Б?

Нет. Но при этом купоны на протяжении всех трех лет могут приходить вам "очищенные" от налога. В таком случае, по окончании 3-х лет, при закрытии ИИС и получении льготы типа Б, весь ранее удержанный налог перейдет в разряд излишне удержанного и будет подлежить возврату.